(SenePlus) - C'est une avancée scientifique qui porte fièrement les couleurs du Sénégal. L'Université Cheikh Anta Diop de Dakar (UCAD) a annoncé le lundi 29 juin 2026 sur son compte X la découverte d'une nouvelle espèce bactérienne, baptisée Neobacillus camarae, identifiée à partir du microbiote du lait maternel d'une mère sénégalaise allaitante. Une découverte issue d'une collaboration entre l'UCAD et l'IHU Méditerranée Infection de l'Université Aix-Marseille, et qui ouvre, selon ses auteurs, de nouvelles perspectives dans la lutte contre la malnutrition infantile.
Les résultats de cette recherche ont été publiés le 13 juin 2026 dans la revue scientifique internationale Antonie van Leeuwenhoek, sous la plume d'une équipe pluridisciplinaire conduite par Salematou Sarr, Ousmane Ndour, Adama Mbow et Matthieu Million, avec la participation de Cheikh Sokhna et George Diatta, chercheurs d'Aix-Marseille Université affiliés au Campus International IRD-UCAD de Dakar.
Une bactérie isolée à Niakhar, identifiée à Marseille
La découverte s'inscrit dans le cadre d'un programme de recherche plus large visant à caractériser le microbiote du lait maternel de femmes sénégalaises dans quatre régions du pays — Dakar, Podor, Matam et Niakhar — afin d'identifier des souches probiotiques potentiellement utiles dans le traitement de la malnutrition aiguë sévère. C'est à Niakhar que l'échantillon à l'origine de la découverte a été prélevé, avec le consentement écrit des participantes et sous autorisation éthique du Comité national d'éthique et de recherche en santé du Sénégal, délivrée le 11 septembre 2022.
Les échantillons de lait ont d'abord été traités au laboratoire de l'Institut de Recherche pour le Développement (IRD) à Dakar, avant d'être acheminés sur glace sèche vers l'IHU Méditerranée Infection à Marseille pour une analyse approfondie. C'est là que la souche, désignée Marseille-QA0830T, a été isolée, caractérisée et identifiée comme appartenant au genre Neobacillus — un taxon récemment créé pour résoudre les incohérences phylogénétiques du genre Bacillus, lui-même établi en 1872 par Ferdinand Julius Cohn.
Une espèce génomiquement distincte de toutes les espèces connues
Pour établir le caractère inédit de la nouvelle souche, les chercheurs ont eu recours à une approche polyphasique combinant analyses génomiques, phénotypiques et biochimiques. Les résultats sont sans ambiguïté. L'analyse du gène ARNr 16S révèle une similarité de 98,10 % avec Neobacillus niacini NBRC 15566T, ce qui ancre solidement la souche dans le genre Neobacillus. Cependant, les indices de parenté au niveau du génome complet racontent une autre histoire : la valeur d'hybridation numérique ADN-ADN (dDDH) obtenue contre l'espèce voisine la plus proche, Neobacillus dielmonensis, n'est que de 26,2 % — très loin du seuil de 70 % retenu par la communauté scientifique internationale pour délimiter les espèces bactériennes. La valeur d'identité nucléotidique moyenne (ANI) atteint quant à elle 83,0 %, bien en deçà du seuil de 95-96 % requis. Ces données établissent sans équivoque que Neobacillus camarae constitue une espèce nouvelle et jusqu'alors inconnue.
Sur le plan morphologique, la souche se présente sous forme de bacilles à Gram positif, non mobiles, dépourvus de spores, mesurant en moyenne 5,4 µm de longueur sur 2,9 µm de diamètre. Elle est aéro-anaérobie facultative, avec une croissance optimale à 37 °C. Son profil métabolique est singulièrement restreint : elle se révèle incapable de fermenter la plupart des glucides standard testés — glucose, galactose, xylose, arabinose, tréhalose — une particularité qui, conjuguée à la grande taille de son génome (5,83 Mbp), suggère le recours à des stratégies métaboliques alternatives, notamment le catabolisme d'acides aminés ou d'acides organiques spécifiques.
Un hommage au Professeur Makhtar Camara
La nouvelle espèce a été nommée camarae en hommage au Professeur Makhtar Camara, microbiologiste sénégalais dont les travaux sur le microbiote humain et la surveillance de la résistance aux antimicrobiens au Sénégal ont marqué le domaine. L'UCAD, dans son annonce, a salué cette distinction qui « honore l'UCAD, le Sénégal et la recherche africaine ». Le Président de la République, Bassirou Diomaye Faye, a, selon le compte X de l'université, félicité le Pr Makhtar Camara et toute l'équipe de recherche pour cette reconnaissance internationale.
La découverte n'est pas anodine sur le plan géographique. Les auteurs de l'étude notent qu'une empreinte bactérienne régionale distincte, enrichie en genres apparentés aux Bacillaceae, a été documentée dans le lait maternel et les échantillons intestinaux de populations d'Afrique de l'Ouest, notamment au Sénégal et en Gambie, comparativement aux cohortes européennes ou américaines. La localisation de cette découverte à Niakhar — une zone d'étude historique pour la recherche épidémiologique en Afrique subsaharienne — s'inscrit ainsi dans une continuité scientifique déjà bien établie.
Des perspectives prometteuses contre la malnutrition infantile
Au-delà de l'intérêt taxonomique, les chercheurs entrevoient des applications potentielles. Les membres du genre Neobacillus sont reconnus pour leur robustesse environnementale et leur potentiel enzymatique. Plusieurs espèces de ce groupe hébergent des voies génétiques spécialisées dans la dégradation de composés complexes et la sécrétion d'hydrolases extracellulaires thermostables. Si la souche Marseille-QA0830T présente un profil métabolique restreint dans les conditions testées, sa présence dans des niches compétitives comme le lait maternel ou l'intestin humain laisse supposer des stratégies d'adaptation encore à explorer.
L'analyse IMNGS — plateforme de métagénomique de nouvelle génération — a par ailleurs détecté des traces de la souche dans divers métagénomes humains : peau, cavité orale, intestin, nasopharynx, poumons, et lait maternel. Ces données suggèrent un rôle potentiel, certes modeste, au sein du microbiome humain, ainsi qu'une possible voie de transmission verticale entre la mère et le nourrisson.
Les auteurs appellent à des études fonctionnelles multi-omiques pour pleinement élucider le rôle écologique de Neobacillus camarae et ses applications biotechnologiques latentes. La souche a été déposée dans la collection de l'IHU Méditerranée Infection (CSUR QA0830T) et dans la collection espagnole CECT (CECT 31295T), et son génome est en cours de dépôt dans GenBank.